지분율 30%, 두 사람 합산 60%. 숫자만 보면 과점주주 요건을 충족하는 것처럼 보였습니다. 세무서는 그 숫자를 근거로 두 사람에게 수년치 법인세 납부 고지서를 날렸습니다. 본인들이 운영하지도, 관여하지도 않은 회사의 세금을 대신 내라는 통보였습니다.

주식회사 A(이하 '체납법인')는 2019년부터 2023년까지 법인세를 납부하지 못한 채 체납 상태가 이어졌습니다. D세무서장은 체납법인의 발행주식 30%씩을 보유하고 있던 B와 C(이하 '청구인들')를 「국세기본법」 제39조에 따른 과점주주로 판단하고, 이들을 제2차 납세의무자로 지정한 뒤 5개 사업연도에 걸친 법인세 납부를 각각 고지했습니다.

B는 체납법인 대표이사의 오랜 친구였고, C는 B의 배우자였습니다. 두 사람은 2014년 대표이사의 권유로 주식을 매수했을 뿐, 체납법인의 경영에 한 번도 관여한 적이 없었습니다. 회사의 임원으로 이름을 올린 적도 없었고, 급여나 배당금을 받은 사실도 없었습니다. 각자 전혀 다른 생업을 유지하며 살아온 평범한 투자자였습니다.

그러나 세무서는 이들의 지분 합계가 60%를 넘는다는 이유만으로 납세 의무를 부과했습니다. 청구인들은 이 처분에 불복하여 담당 변호인을 선임하고 조세심판청구를 제기했습니다.

이 사건의 핵심 쟁점은 단순했습니다. 주식을 보유하고 있다는 사실만으로 '과점주주'가 될 수 있는가. 그리고 그 입증 책임은 누구에게 있는가.

「국세기본법」 제39조 제2호는 제2차 납세의무의 요건으로 두 가지를 동시에 요구합니다. 첫째, 주주와 그 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과할 것. 둘째, 해당 주주가 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사할 것. 지분율 요건은 충족될 수 있어도, 실질적 경영 지배 요건은 별도로 입증되어야 합니다. 그리고 이 입증 책임은 납세자가 아닌 과세관청에 있습니다.

담당 변호인은 이 법리적 구조를 심판청구의 출발점으로 삼았습니다. D세무서장은 청구인들이 60%의 지분을 보유하여 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 주장했지만, 실제로 영향력을 행사했다는 객관적 증거는 단 하나도 제시하지 못했습니다. 담당 변호인은 이 공백을 정면으로 파고들었습니다.

구체적인 입증 작업은 다음과 같이 진행되었습니다. 첫째, 법인등기부를 통해 청구인들이 체납법인의 임원으로 등재된 이력이 전혀 없다는 사실을 확인하고 자료로 제출했습니다. 둘째, 법인의 급여 지급 내역과 배당 기록을 검토하여 청구인들이 체납법인으로부터 어떠한 금전적 이익도 수취하지 않았음을 입증했습니다. 셋째, 청구인 각자의 소득금액증명원과 경력증명서를 제출하여 두 사람이 각자의 생업에 종사하며 독립적인 경제활동을 이어왔다는 사실을 수치와 기록으로 뒷받침했습니다.

여기에 더해, 체납법인 대표이사가 직접 작성한 확인서를 핵심 증빙으로 활용했습니다. 이 확인서에는 청구인들이 단순 투자 목적으로 주식을 인수했으며 법인 경영에 참여하거나 사업 내용을 알지 못한다는 내용이 명시되어 있었습니다. 담당 변호인은 이 확인서의 신빙성을 높이기 위해 대표이사가 조세심판관회의에서 같은 취지의 진술을 직접 할 수 있도록 절차를 준비했으며, 대표이사는 실제로 심판관 앞에서 이를 진술했습니다.

담당 변호인은 이 모든 자료를 토대로, 과세관청이 '지배적 영향력 행사'라는 과세 요건을 충족하는 구체적 사실을 전혀 입증하지 못한 채 처분을 강행했음을 조세심판원에 명확히 제시했습니다.

조세심판원은 청구인들의 주장에 이유가 있다고 판단했습니다. D세무서장이 청구인들에게 한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분 전부를 취소하는 결정이 내려졌습니다.

심판원은 결정 이유에서 다음 사항을 명확히 확인했습니다. 청구인들은 체납법인의 임원으로 재직한 이력이 없고, 법인으로부터 급여나 배당금을 지급받은 사실이 확인되지 않는다. 청구인들은 각자 별도의 생업을 유지해왔으며, 법인 경영에 관여했다는 내용이 확인되지 않는다. 과세관청은 청구인들이 법인 경영에 지배적인 영향력을 행사했다는 구체적인 사실을 입증하지 못했다. 따라서 처분은 잘못되었다.

이 결정은 제2차 납세의무 제도의 본질을 재확인한 사례입니다. 과점주주 해당 여부는 주식 변동 명세서상 이름이 올라 있다는 형식적 기준이 아니라, 실질적으로 법인 경영을 지배했는가라는 실질적 기준으로 판단해야 합니다. 지분율 50% 초과는 필요조건일 뿐 충분조건이 아니며, 경영에 대한 지배적 영향력의 행사는 과세관청이 별도로 입증해야 하는 독립적 요건입니다.

같은 고민을 안고 계신다면, 법무법인 프런티어 인천지사에서 먼저 상담받아 보시기 바랍니다.

이 사건은 조세심판원에 심판청구를 제기하여 처분 취소 결정을 받은 사례입니다. 조세심판원은 과세관청의 처분에 불복하는 납세자가 행정소송 전 단계로 거치는 준사법적 기관으로, 심판청구 인용률이 낮고 심리 기준이 엄격하기로 알려져 있습니다. 특히 제2차 납세의무 관련 사건은 과세요건의 해석과 입증 구조에 대한 깊은 이해 없이는 청구 자체가 기각되는 경우가 많아, 관할 세무서와 조세심판원의 심리 경향을 사전에 파악하는 것이 결과에 직결됩니다.

제2차 납세의무 처분은 납세자가 고지서를 받은 시점에 이미 과세관청이 상당한 조사를 마친 상태입니다. 이 단계에서 아무런 대응 없이 기간을 흘려보내면 90일의 심판청구 기간이 도과하여 불복 자체가 봉쇄됩니다. 또한 심판청구 단계에서 제출하지 못한 증거는 이후 행정소송에서도 활용이 제한될 수 있으므로, 고지서 수령 직후부터 소득증명, 경력증명, 급여 수취 여부 등 경영 비관여 사실을 체계적으로 수집하고 정리하는 작업이 즉시 시작되어야 합니다.

법무법인 프런티어는 전국 13개 지사 네트워크를 통해 각 지역 세무서 및 조세심판원 심리 사례를 실시간으로 공유하고 있습니다. 제2차 납세의무 사건은 동일한 법리라도 과세관청이 제출하는 자료의 유형과 심판관의 심리 방향이 사건마다 다르게 전개됩니다. 프런티어는 유사 사건의 처분 패턴과 인용 결정 데이터를 지사 간에 축적·분석하여, 어떤 증거를 어떤 순서로 제출해야 심판원을 설득할 수 있는지를 사건 초기부터 전략적으로 설계합니다.

자주 묻는 질문

Q. 주식을 갖고 있기만 해도 회사 세금을 대신 내야 하나요?

A. 단순히 주식을 보유하고 있다는 사실만으로는 제2차 납세의무가 자동으로 발생하지 않습니다. 「국세기본법」 제39조는 지분율 50% 초과 외에 법인 경영에 대한 지배적 영향력 행사를 별도 요건으로 규정하고 있으며, 이 사건에서도 경영 비관여 사실이 입증되어 처분이 취소되었습니다.

Q. 과세관청이 지정 처분을 내렸다면 뒤집기가 어렵지 않나요?

A. 일반적으로 과세관청의 처분에는 적법 추정이 작용하지만, 제2차 납세의무 사건에서 '지배적 영향력 행사'는 과세관청이 직접 입증해야 하는 요건입니다. 과세관청이 구체적 증거를 제시하지 못한 경우 심판원이나 법원에서 처분이 취소되는 사례가 있으며, 이 사건이 그 대표적 예입니다.

Q. 고지서를 받은 뒤 언제까지 불복 절차를 밟아야 하나요?

A. 제2차 납세의무 납부고지 처분에 불복하려면 처분을 받은 날로부터 90일 이내에 심판청구 또는 이의신청을 제기해야 합니다. 이 기간을 넘기면 원칙적으로 불복이 불가능해지므로, 고지서를 받는 즉시 전문가와 상담하여 대응 방향을 결정하는 것이 중요합니다.